本培养基用于肠杆菌科的分离培养。

• 酵母浸粉和蛋白胨提供碳氮源和微量元素。
• 氯化钠可维持均衡的渗透压。
• 葡萄糖是可发酵的糖类。

​由于受目前测序水平的限制，基因组测序时需要先将基因组打断成DNA片段，然后再建库测序。
reads（读长）指的是测序仪单次测序所得到的碱基序列，也就是一连串的ATCGGGTA之类的。

不同的测序仪器，reads长度不一样。对整个基因组进行测序，就会产生成百上千万的reads。

以人的基因组举例，参考基因组 $3.2\ast 10$ 的9次方个碱基单位，很多很长很长。测序尤其是（二代）高通量测序没办法一次检测到所有碱基，只能随机检测其中一段比如50，100，150这么长的一段较短序列，这个检测结果就是"reads"。很多很多的reads可以大致拼接出全基因组全貌。

想要二代测TP53(某个基因)，就把设计芯片，捕获目标区域，拿到一堆目标区域的reads, 你可以根据TP53的已知序列把你的reads 一一比对上去（map）。也可以根据已知序列或者不根据拼接(assemble)组装出该基因的序列。

介绍

LTR-RTs(Long terminal repeat-retrotransposons, 长末端重复反转座子)。是反转座子中的一种，因其两侧存在长的末端重复而得名。不含长末端重复的反转座子统称 non-LTR-RTs，主要包含短散在重复(SINE)和长散在重复(LINE)。

反转录转座子根据转座元件结构的完整性和转座特点可分为：

• 自主元件（编码转座酶）

k-mer介绍

![[Pasted image 20230813212632.jpg]]
k-mer是指将Reads迭代分成包含K个碱基的序列，一般长短为L的reads可以分成$L-K+1$个k-mers。

什么是K-mer

K-mer就是一段序列的子序列。比如，一段含有14个碱基的DNA序列如下，

转座子（transposable element）TEs：也称为跳跃基因，是细胞中能改变自身位置的一段DNA 序列。

指在基因组中能够移动或复制，并可以整合到基因组新位点的一段 DNA 序列。根据转座过程是否形成 RNA 中间体，转座子可分为 DNA 转座子和反转录转座子。

• I型转座子(Retrotransposon)：反转录转座子是以 RNA 为媒介，伴有反转录过程，以复制-粘贴的方式在基因组的新位置产生一个新的拷贝。
• II型转座子(DNA transposons)：DNA 转座子的转座机制则是剪切-粘贴的形式。

肽聚糖（Peptidoglycan，PGN）存在于真细菌中的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的细胞壁中。

肽聚糖的骨架是由两种糖衍生物：N-乙酰葡糖胺（GlcNAc）和N-乙酰胞壁酸（MurNAc）交替相连而形成的多糖链，这些链相互交联形成肽聚糖。

![[Pasted image 20230820161018.jpg]]

从每个N-乙酰胞壁酸引出一条寡肽链，与相邻多糖链上的N-乙酰胞壁酸相连，使两条平行的糖链横向相连构成网络，这样构成了整个细菌表面的细胞壁。

![[Pasted image 20230820161029.jpg]]

柠檬酸（CA），又名枸橼酸，分子式为C₆H₈O₇。

是一种重要的有机酸，为无色晶体，无臭，有很强的酸味，易溶于水，是酸度调节剂（GB2760—2014）和食品添加剂。

晶界（grain boundary）是结构相同而取向不同晶粒之间的界面。

在晶界面上，原子排列从一个取向过渡到另一个取向，故晶界处原子排列处于过渡状态。 晶粒与晶粒之间的接触界面叫做晶界。无机非金属材料是由微细粉料烧结而成的。在烧结时，众多的的微细颗粒形成大量的结晶中心。当它们发育成晶粒并逐渐长大到相遇时就形成晶界。

在多晶体中，由于晶粒的取向不同，晶粒间存在分界面，该分界面，称为晶界。

由于晶界连接着不同排列方向的晶粒，从一种排列方向过渡到另一种排列方向，因此晶界处的原子排列是不规则的，所以晶界上的原子往往比晶粒内的原子具有更高的能量，当晶粒间位向差别越大，在晶界处的原子排列就越不规则。

此外，金属中的杂质往往易于富集在晶界上。晶界的结构、成分和多少， 对金属的各种性能和金属内的各种过程（如结晶、扩散、变形等）有重大影响，金属中晶界愈多，即意味着晶粒愈细。

原理

转录因子通常含有两个独立的结构域：

• DNA结合域(BD)
• 转录激活域(AD)

过硫酸钾是一种无机化合物，化学式为K2S2O8

是一种白色结晶性粉末，溶于水、不溶于乙醇，具有强氧化性，常用作漂白剂、氧化剂，也可用作聚合反应引发剂，几乎不吸潮，常温下稳定性好，便于储存，具有方便和安全等优点。

物理性质

熔点：1067℃